2025-10-23
Cas12a(Cpf1) crRNA 设计教程
易致生物官网Cas12a(Cpf1) crRNA 设计详细操作教程。
Cas12a(Cpf1) crRNA 设计教程
1、目标序列输入
①以FASTA格式输入您需要设计crRNA的序列，如图中例子example样式。
②若无其他要求，直接点击Find targets即可
2、一般设定（若无特别需求默认设置即可）
3、Cpf1（Cas12a）设置选项（若无特别需求默认设定即可）
①crRNA length without PAM，设置crRNA与目标序列匹配的长度，一般为20~23bp
②PAM一般为TTTV，也可根据自身需求设置不同的PAM
③Efficiency score：crRNA效率评分，预测crRNA的效率，分数越高越好
④self-complementarity：检测crRNA是否自身形成二聚体或与背景序列形成二聚体
4、引物设计（PCR）（可选）
①Product size（扩增产物大小）
②Primer size（引物长度）
③Primer Tm （引物退火温度）
④Minimum distance from primer to target site（引物到crRNA target位置的最小距离）
5、crRNA的选择和合成
①选择Efficiency分数较高的几条crRNA target（不要加上红色的TTTV的PAM序列）
②在target sequence 5‘端加上scalfold sequence（例如LbCas12a为uaauuucuacuaaguguagau）。
③crRNA举例：（以LbCas12a选择图中第一条target sequence为例）
5’-uaauuucuacuaaguguagauACUUGGGCGUUCUUCAACUGGGC-3’
小写的一段为Scalfold sequence，大写的一段为target sequence
